El 66% de los hogares en la capital cuentan con una conexión de agua potable lo cual provoca que casi 30% de la población dependa de alternativas costosas y de baja calidad. Por otra parte, la limitada cobertura del sistema de alcantarillado, solamente 47%, ha provocado que las quebradas de los ríos sean usadas como cloacas abiertas y, que la reducida capacidad de sus encauzamientos sea rebasada con frecuencia por las lluvias intensas que provocan inundaciones de extensión variable en distintos puntos de la ciudad. Además, la capital cuenta con capacidad para tratar solo el 17% de sus aguas servidas, da cuenta de los problemas de aguas negras en la ciudad y del hecho de que el rio Choluteca sea el segundo río más contaminado de Honduras.